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Vivre avec les micro-organismes

Qu'appelle-t-on micro-organismes ?

Nos photos de yaourt au microscope, colorées au bleu de méthylène

Microorganismes
Virus, bactéries, champignons, les micro-organismes sont divers et nombreux. On les rencontre partout. Ils sont nombreux à établir des associations avec d’autres êtres vivants (symbiose, mutualisme, commensalisme ). L’humain appelle l’ensemble des micro-organismes qui vivent en symbiose (association au bénéfice des 2) dans son corps, le microbiote. Il les a aussi valorisé pour nombre de leurs fonctions, en particulier alimentaires. Cependant, d'autres micro-organismes peuvent être pathogènes.

Le microbiote

Les micro-organismes qui résident dans et sur les différents tissus d’un individu constituent son microbiote. Chez les humains, il se met en place à la naissance. Il est constitué de 200 à 500 souches différentes. Il augmente durant la petite enfance puis stagne et diminue durant la vieillesse. Il contribue aux fonctions de défense et aux fonctions métaboliques (décomposition des fibres, fabrication de certains nutriments). Le microbiote intestinal se nourrit des prébiotiques que l’on mange. Sur la peau, il constitue le film bactérien, il est détruit par les trop nombreux lavages.

Se protéger des microbes

se defendre

<-- La température 

La phagocytose  -->

Voir la phagocytose

L’homme utilise différents moyens pour se protéger contre les infections pathogènes. L’un des moyens rapide est la montée en température, qui nuit à la multiplication de certains micro-organismes. La phagogytose permet de digérer certains éléments étrangers. Pour cela, les macrophages doivent être nombreux et présents sur le terrain. Cette mobilisation peut prendre quelques heures à quelques jours et être visible par des rougeurs d’une plaie.
l'aseptie

Une défense externe, l'aseptie

Les préconisations de l'organisation mondiale de la santé

Bilan : Les règles d'aseptie sont destinées à faire barrière à l'entrée du virus ou de la bactérie dans le corps. Elles sont basées sur des vérifications scientifiques, comme par ex, dans le cas du lavage de main au savon dans les salles d'accouchement. Au début de la pandémie du Covid19 de nombreux moyens de défenses suggérés ça et là relevaient du charlatanisme. Parfois des règles simples ne sont pas applicables par manque d'équipement, c'est le cas des masques ou des tests, ou encore elles peuvent être en cours de développement ou défier des règles d'éthique, comme pour l'application StopCovid, qui demande d'utiliser d'avantage l'informatique et les probabilités qu'une simple barrière physique. 

Pour ne pas se tromper sur l'information

Voir un virus infecter une cellule hote 

Les avancées sur le Covid19 . A partir de 55' vous verrez l'explication du fonction de StopCovid

La contamination des objets 

Schématiser l'infection virale

Quelques FakeNews à décrypter

Se défendre spécifiquement

réaction spécifique

La réaction immunitaire, une réaction spécifique

2ème étape : l'inflammation

Courbe_mémoire_immunitaire_.jpg

Un animal est soumis à successivement 2 antigènes:

  • l’antigène X au premier jour de la semaine 1 et de la semaine 8

  • l’antigène Y au premier jour de la semaine 8

3ème étape : l'acquisition de la mémoire immunitaire

Quelques définitions :
Antigène : substance identifiant un élément ayant pénétré dans le corps
Anticorps : molécule fabriquée par l'individu, caractéristique d'un antigène, et destinée à s'en débarasser
Séropositivité : terme servant à designer la réaction positive du sérum (sanguin) à la présence d'anticorps spécifiques
réaction_antigène-anticorps_specific
Bilan : La phagocytose est la première étape de détection de l'élément  étranger, suite à quoi les macrophages détruisent les éléments étrangers puis portent à leur surface des antigènes(qui résultent de cette destruction), pour informer les cellules du système immunitaire de la présence d'un antigène. Une réaction en cascade s'amorce alors :  
  • alerte des cellules sentinelles 
  • fabrication des lymphocytes mémoire
  • fabrication des lymphocytes B et T
    • qui permettent la fabrication d'anticorps circulants, induisant la séropositivité et l'agglutination des éléments étrangers de nature bactérienne,
    • ou permettent la fabrication de cellules T tueuses porteuses d'anticorps qui ciblent l'attaque des cellules infectées par les virus

Les vaccins, une protection validée par les connaissances médicales

Vaccins
Découvrir l'histoire de la vaccination
Bilan : Pasteur a mis au point la vaccination en 1880 après de nombreux tâtonnements, par Jenner et d'autres. On avait découvert que des éléments présents dans le sérum protégeaient les personnes après leur guérison. Pasteur a mis au point des méthodes permettant de reproduire cette protection à l'aide de forme atténuée de la maladie.
Aujourd'hui la vaccination permet de protéger et de sauver des très nombreux individus. C'est l'une des plus grandes avancées médicales du siècle dernier. Actuellement, les chercheurs de l'institut Pasteur mettent au point le vaccin contre la Covid19. Il devrait être opérationnel dans un an.

La découverte des antibiotiques : 

Antibiotiques
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Flemming oublie une boite de pétri contenant des microorganismes (bactéries) dans un tiroir. 

Quand il la retrouve, il constate  qu'un champignon a poussé sur la boite et fait disparaitre les bactéries autour de la culture de champignon. Après investigation, il découvre que ces champignons fabriquent des antibiotiques responsables de la disparition des bactéries : il vient de découvrir l'existence des antibiotiques.

penicillium.jpg

Des tests vont permettre de savoir si une bactérie  résiste à un antibiotique :  ce test qui dure 24h, permettra de voir si dans ce temps la culture bactérienne reprend en présence de l'antibiotique.

L'antibiotique agit sur le fonctionnement de la bactérie qui petit à petit, par un mécanisme en lien avec l'évolution acquière une résistance.  

test-bacterie-antibiotique-resistance.jp

Le mode d'action des antibiotiques

Quand les bactéries résistent

Les antibiotiques sont des médicaments qui empèchent le développement des bactéries, soit en bloquant la mitose, ou la fabrication des protéines. Flemming a découvert que les bactéries en fabriquaient naturellement. Ils n'ont aucune utilité vis à vis des virus.
Ils sont largement utilisés, en agriculture et en santé humaine. Les bactéries acquièrent du fait d'un mésusage des résistances : les souches résistantes évoluent et se multiplient largement.
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